专业内涵：制药工程是一个化学、药学（中药学）和工程学交叉的工科类专业，培养从事药品制造，新工艺、新设备、新品种的开发、放大和设计方面的专门人才和在医药、农药、精细化工、生物化工等部门从事医药产品的生产、应用研究和经营管理等方面的应用工程技术人才。
专业特色:以“3+1”培养方案为主导，强调学生的实践动手能力训练，旨在培养具备制药工程专业知识和设计、研究能力的“宽基础、高素质、具有创新精神和实践能力”的专门人才。
采用与企业产学研全面结合的制药工程专业建设模式，其内容包括共同制订培养目标、共同建设课程体系和教学内容、共同实施培养过程、共同评价培养质量，将产学研合作贯穿学生培养的全过程。
制药工程的课程按模块进行组合，以制药工艺学、药物合成反应、制药分离工程等课程为龙头；以药物分析及质量研究、生物制药技术、化学药物技术、制药工程学等数个模块的建设逐步形成制药工程技术系列课程群。
在课程运行过程中，专业课程与选修课程在各年级交互进行、循序渐进、互相渗透、手脑兼顾、多层综合，强化了学生解决实际问题的能力。
课程设置与建设既以化学、药学等理论作基础，又突出工科院校的培养应用型人才的特点。
制药工程专业为教育部“卓越工程师教育培养计划”试点专业，采用“3+1”教学模式，使学生能有“1”年的集中时间在企业进行实习，参与解决企业的实际问题，提高自身的工作能力，为毕业后胜任企业工作打下坚实的基础。
本专业与北京悦康药业集团、北京红惠新医药科技有限公司、北京诺泓医药科技有限公司等多家制药企业和科研单位建立了合作关系，使其真正参与制药工程专业的人才培养，为“卓越工程师教育培养计划”的实施创造了良好条件。
为了更好地与首都大力发展生物制药的大战略相契合，满足对生物医药人才的旺盛需求，制药工程专业从2014年开始和北京亦庄生物医药园合作开设“生物医药园班”,毕业生将优先满足北京地区生物制药企业对相关人才的需求。
学生前景：学生毕业后可到制药工程（或医药生物技术）领域相关的生产企业、营销企业、科研院所、药品监督管理部门等企、事业单位从事药品生产、管理、营销、检验监督和研发等工作。
2012年首届毕业生就业率为100%。
学生根据自己的兴趣和爱好可以选择考取研究生的专业（或方向）为：制药工程、药剂学、药物分析、药物化学、药理学、天然药化、生药学、药事管理等。
也可报考有机合成，精细有机合成，应用化学、化学工程等相近专业的研究生。
除此之外，还可以根据自己的意愿选择出国深造以继续本专业或相关专业的学业。